An der Universität St. Gallen (HSG) promovierte er mit einer Arbeit zu Modalitäten der Führung in der Postmoderne (Titel: «Lenkung und Ablenkung»). Zu den Kulturinstitutionen, an die er engagiert wurde, gehören das Opernhaus Zürich, die Staatsoper unter den Linden, das Festspielhaus Baden-Baden, das Hessische Staatstheater Wiesbaden, das Theater St.Gallen, das Schauspielhaus Zürich sowie das Watermill Center New York. Zuletzt war er ab der Spielzeit 2020/2021 als Dramaturg für das Bayerische Staatsballett in München tätig. Zu seinen jüngeren Kulturprojekten gehören der literarische Soundscape «Street Ballads», dessen Aufführungen in mehreren Museen der Schweiz und Bulgarien zu sehen waren, sowie das Tanz- und Filmprojekt «Sakuntalas Ring» für die Bayerische Staatsoper/Bayerisches Staatsballett.

Von 1999 bis 2004 war Serge Honegger als Regieassistent für das Opernhaus Zürich tätig und begleitete u.a. den «Ring»-Zyklus von Robert Wilson. Als Dramaturg betreute er Heinz Spoerlis Inszenierung von Jean-Philippe Rameaus «Les indes galantes» mit dem Ballett Zürich. Anschliessend folgte Vladimir Malakhovs «Cinderella» an der Staatsoper unter den Linden Berlin. Als Dramaturg und Regiemitarbeiter von Rebecca Horn realisierte er 2010 «Elektra» für die Internationalen Maifestspiele am Hessischen Staatstheater Wiesbaden. Bis 2015 wirkte er als Leitender Dramaturg am Theater St.Gallen für die Produktionen des Musiktheaters.

Zu den Tanz- und Theaterschaffenden, mit denen Serge Honegger zusammenarbeite, zählen Özkan Ayik, Liliana Cavani, David Dawson, Charlotte Edmonds, Jürgen Flimm, Marco Goecke, Yossi Berg & Oded Graf, Claus Guth, Daniel Hay-Gordon, Jens-Daniel Herzog, Edouard Hue, Linda Kapetanea & Jozef Frucek, Laurent Hilaire, Andrey Kaydanovskiy, Konstantin Keykhel, Marcel Leemann, Sol León und Paul Lightfoot, Jonathan Lunn, Vladimir Malakhov, Yuki Mori, Marion Motin, Nicolas Paul, Naomi Perlov, Angelin Preljocaj, Alexei Ratmansky, Marco Santi, Liam Scarlett, Johannes Schmid, Anoosha Shastry, Heinz Spoerli, Andrew Skeels, Stephan Thoss, Beate Vollack und Robert Wilson.